Estatutariamente los órganos de gobierno y representación de la Asociación son, respectivamente, la Asamblea General y la Junta Directiva.

La Asamblea General es el órgano supremo de gobierno de la Asociación y estará integrada por todos los asociados. La Asociación será gestionada y representada por una Junta Directiva formada por: un Presidente, un Vicepresidente, un Secretario y un Tesorero, además de los vocales que en cada legislatura puedan ser elegidos para llevar a cabo tareas concretas.

En la actual legislatura la Asociación Madrileña de Pacientes con Síndrome de Gilles de la Tourette y Trastornos Asociados (A.M.P.A.S.T.T.A) se organiza con arreglo al siguiente organigrama: